La prima, tra le indicazioni dell'agopuntura, riguarda proprio la sfera endocrina. In questo settore possiamo "quantizzare" gli effetti dell'agopuntura: non ci si attiene solo alle informazioni che fornisce il paziente (tipo "mi sento meglio" o altre valutazioni del genere) ma è possibile confrontare i dosaggi ormonali prima e dopo il trattamento.

La tiroide è particolarmente sensibile agli effetti dell'ago e se ci si attiene alle indicazioni si ottengono effetti nella quasi totalità dei casi: basta non trattare le situazioni non curabili (vedi tabella). Lo stesso dicasi per i disturbi del ciclo mestruale (amenorree, cicli anovulatori, cicli troppo abbondanti o scarsi, cicli troppo brevi o lunghi): si effettuano in genere una o due sedute al mese, a seconda del problema ormonale.

Le dismenorree (dolori mestruali intensi), se non sono dovute a cause organiche (come endometriosi o tumori), si trattano una volta al mese, 4-5 giorni prima del flusso: in genere dopo tre applicazioni si osserva la scomparsa definitiva dei disturbi, senza dover più ricorrere all'uso di farmaci analgesici.

I disturbi della fertilità maschile richiedono in genere 6-7 applicazioni: se escludiamo le azoospermie (assenza completa di spermatozoi), l'agopuntura può migliorare moltissimo sia il numero che la motilità degli spermatozoi, aumentando l'indice di fertilità.